Muonion kirkko on rakennettu viisi vuotta seurakunnan itsenäistymisen jälkeen 1817, ja se vihittiin käyttöön 1822. Kirkon on piirtänyt A. W. Arppe. Kirkko rakennettiin 600 hengelle, vaikka seurakunnan väkiluku oli silloin vain noin 300 henkeä.

Kirkkoa on korjattu ajan tarpeita vastaavaksi useita kertoja. Kellotorni rakennettiin vuonna 1883, kamiinalämmitys saatiin 1900-luvun alkuvuosina, sodan vauriot korjattiin 1949. Kirkko on peruskorjattu kesällä 2004, ja korjatun kirkon vihkimisjuhlaa vietettiin 4. adventtisunnuntaina 19.12.2004 piispa Samuel Salmen johdolla. Muoniolaisilla on nykyisin käytössään lämmin ja viihtyisä kirkko.

Jumalanpalvelusta vietetään kirkossa sunnuntaisin klo 11.